Le microbiote est l'ensemble des micro-organismes qui peuplent tous les tissus sains de notre corps. Depuis sa description par Albert Döderlein en 1891, on connaît l'existence d'une "flore vaginale" ou "flore de Döderlein", composée principalement de bactéries du genre LactobacillusNous savons aujourd'hui que tous nos tissus et fluides sont habités par des micro-organismes, même ceux qui étaient considérés comme "stériles" jusqu'à récemment, comme le placenta, le liquide amniotique, le liquide amniotique, le liquide amniotique, le placenta, le liquide amniotique et les bactéries. Aujourd'hui, nous savons que tous nos tissus et fluides sont habités par des micro-organismes, même ceux qui étaient considérés comme "stériles" jusqu'à récemment, comme le placenta, le liquide amniotique, l'urine ou le système nerveux.
Qu'est-ce que le microbiote génito-urinaire ?
Jusqu'à récemment, on pensait que l'urine était stérile et que les bactéries et autres germes n'existaient pas dans les voies urinaires. Aujourd'hui, grâce à la biologie moléculaire et aux techniques d'amplification génomique qui permettent de détecter des micro-organismes qui ne poussent pas dans les milieux de culture classiques, on sait qu'il existe un microbiote très varié au niveau urinaire, et qu'il n'est pas le même que le microbiote génital. Cependant, si le système urinaire et le système génital féminin ne partagent pas le même microbiote, la composition de l'un peut être influencée par la composition de l'autre.
Dans le cas du microbiote vaginal, six "vaginotypes" ont été décrits, en fonction de la prédominance de certains micro-organismes (voir tableau n°1). Je n'entrerai pas dans une description détaillée de ces vaginotypes, mais il est important de noter que, selon le type de germe prédominant, il y aura une production plus ou moins importante d'acide lactique, qui régulera le pH vaginal et donc les micro-organismes qui y résideront. Plus l'acidité est élevée, plus le risque de colonisation vaginale par des germes uropathogènes, qui ne supportent pas les pH très bas, est faible. C'est pourquoi les femmes de vaginotype I, où le Lactobacillus crispatusle vaginotype IVb, qui a la plus forte production d'acide lactique et donc le pH le plus acide (environ 4), est le groupe de femmes ayant la plus faible prévalence d'infections urinaires et de maladies virales sexuellement transmissibles. À l'opposé, on trouve le vaginotype IVb, composé principalement de bactéries non lactobacillaires, et dont le pH avoisine les 5,3. Ce pH plus élevé prédispose aux infections urinaires, aux maladies sexuellement transmissibles et aux infections vaginales (vaginose).
Il faut également noter que la composition du microbiote vaginal change au cours de la vie d'une femme, en fonction de son statut hormonal. L'épaisseur de la muqueuse vaginale, sa teneur en glycogène (sucre) et les cycles menstruels influencent le type de germes qui prédominent à un moment donné, car les lactobacilles se nourrissent des cellules qui se détachent de la paroi vaginale et du glycogène qu'elles contiennent. C'est pourquoi l'incidence des cystites augmente avec l'âge, surtout après la ménopause, car l'absence d'œstrogènes (hormones féminines) stimule l'amincissement de la paroi vaginale et fait que les cellules sont moins chargées en glycogène. Moins nourries, la concentration de lactobacilles diminue et, par conséquent, la production d'acide lactique. C'est pourquoi l'application de gels hormonaux dans le vagin, qui améliorent l'état de la paroi vaginale, s'est avérée être une mesure efficace contre les infections urinaires chez les femmes ménopausées. Cela permet également de comprendre pourquoi certaines jeunes patientes souffrent souvent d'infections dans les jours précédant la menstruation ou l'ovulation : à ces moments-là, il y a une forte baisse du taux d'œstrogènes dans le sang, et donc un amincissement de la paroi vaginale, avec une diminution conséquente des lactobacilles vaginaux. La protection contre les germes uropathogènes est donc moindre pendant ces jours.
Outre les changements hormonaux et les modifications du microbiote vaginal, d'autres facteurs peuvent altérer le pH vaginal et favoriser les infections urinaires chez la femme : les rapports sexuels et l'hygiène intravaginale excessive, ainsi que les douches vaginales. Il est très fréquent de rencontrer des patientes qui souffrent d'infections urinaires presque systématiquement après des rapports sexuels. La faible longueur de l'urètre féminin et les "frottements" qui se produisent lors des rapports ont toujours été incriminés. Mais ce que beaucoup ignorent, c'est que le sperme est beaucoup plus alcalin que le vagin, avec un pH compris entre 7,2 et 8 en général, parfois plus. De ce fait, l'éjaculation intravaginale peut rapidement augmenter le pH et favoriser ainsi le développement de bactéries uropathogènes. De même, bien que cela puisse paraître paradoxal, l'utilisation excessive de savons à pH alcalin (qui sont majoritaires) ou de douches vaginales dans la zone génitale peut également modifier l'acidité vaginale et provoquer un déséquilibre du microbiote vaginal.
Quant au microbiote urinaire, il fait l'objet de connaissances de plus en plus étendues. On sait par exemple qu'il évolue avec l'âge chez les deux sexes, comme c'est le cas dans le vagin. Récemment, sept "urotypes" de microbiote féminin ont été décrits, nommés en fonction du sexe ou de la famille dominante (voir tableau 2).
Chez l'homme, le microbiote génito-urinaire a été beaucoup moins étudié. Certains micro-organismes communs sont connus, tels que Lactobacillus, Sneathia, Veillonella, Corynebacterium, Prevotella,
Streptocoques y Ureaplasma. Ces micro-organismes sont présents à la fois dans l'urine et dans l'urètre. Six urotypes ont été récemment décrits chez l'homme (voir tableau 3).
Dans le cas de la prostate, nous trouvons un microbiote quelque peu différent avec des genres tels que Oceanobacillus, Paenibacillus, Streptococcus, Carnobacterium, Alkaliphilus, Cronobacter, Lactococcus, Enterococcus o Bacillus. Le rôle des différents micro-organismes qui composent le microbiote urinaire est encore mal connu. Ce qu'il est important de noter, tant chez l'homme que chez la femme, c'est que de nombreux germes que l'on considère comme "pathogènes", tels que les Escherichia o Streptocoques peuvent appartenir naturellement au microbiote d'une personne sans provoquer de maladie. D'où l'importance, et je ne me lasserai jamais de le dire, de ne pas traiter les bactériuries asymptomatiques.
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