L'intestin est doté d'un système immunitaire très puissant et spécialisé. On pense qu'environ 80% des cellules immunitaires de notre corps y résident. Cela peut sembler exagéré, mais il est important de comprendre pourquoi. Le tube digestif est l'une des barrières qui séparent notre corps du monde extérieur, avec les poumons, la peau et d'autres muqueuses telles que les muqueuses buccale et vaginale. De toutes ces barrières, c'est celle qui présente la plus grande surface. Classiquement, on dit qu'elle mesure environ 250 à 300 m2 de surface d'échange, soit la taille d'un court de tennis. Cependant, des publications récentes parlent d'une surface plus petite, mais néanmoins très importante, d'environ 32 m2, l'équivalent d'un demi-terrain de badminton. On peut donc le considérer comme le principal "poste de douane" de notre corps. Chaque jour, des millions de substances (molécules alimentaires, micro-organismes, toxines, etc.) arrivent dans l'intestin, et cet organe doit décider pour chacune d'entre elles de les laisser passer ou pas dans l'organisme. Pour ce faire, outre la fonction des entérocytes (les cellules qui tapissent la paroi intestinale), il est aidé par le système immunitaire, qui joue le rôle de de gendarme douanier et demande le "passeport" à chacune de ces substances .
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